2013年12月以来，按照中央及清华大学党委的工作部署，清华附中党政领导班子迅速行动，先后召开两次工作研讨会，针对在党的群众路线教育实践活动前两个环节中发现的“四风”方面问题、学校内涵发展问题、学风教风问题及群众反映的突出问题，逐一研究解决措施，最终，于2013年12月30日制定出学校班子总体的整改方案与制度建设计划。整改方案内容包括加强理论武装，完善学习培训制度，着力提高思想政治水平和工作能力；健全深入联系群众制度，加强调查研究，着力提高解决实际问题的能力和水平；加强班子建设和干部队伍建设，做好干部培养、教育与管理，提高干部管理素质；加强整风肃纪，严格执行各项党风廉政制度，着力提高拒腐防变能力；发扬深入群众的优良传统，在政治上、业务上、生活上关心爱护师生；厉行勤俭节约，反对铺张浪费，建设节约型校园等六大方面，并列出整改问题台账22项，明确责任人与时间表。制度建设计划中梳理出要继续贯彻落实的已建立制度50项，拟修订制度8项，拟新建制度13项。

清华附中校长王殿军与党委书记方妍均强调在今后的工作中要在全校范围内重申已有的制度，及时公布新制订的制度，加大制度的执行力度与监督力度。